S bien ambas herramientas son build servers y en general uno utilizará alguno de los dos, en ciertos casos puede resultar muy útil utilizar ambos al mismo tiempo. Esto es hago que he hecho en mis últimos 3 proyectos.
Si bien, en varios sentidos Jenkins puede resultar mucho más «potente/flexible» que Travis, resulta que este último tiene una funcionalidad «matadora»: buildea todos lo branches existentes en el repositorio, sin requerir ninguna configuración adicional. Esto resulta especialmente útil cuando uno utiliza feature branches. Por su parte, Jenkins no tiene soporte actualmente para buildear varios branches en un mismo job. Claro que es posible jugar un poco con algunos plugins y lograr un workaround para lograrlo, pero no es algo out-of-the-box ni tampoco trivial.
Entonces, si para integración continua utilizo Travis, ¿para qué utilizo Jenkins? Simple, para automatizar mi proceso de despliegue y ejecutar algunas otras tareas que no puedo ejecutar con Travis como ser: enviar notificaciones via chat/sms, generar reportes, ejecutar tests de larga duración, etc.
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